Papież Jan Paweł II zmarł 2 kwietnia 2005 r. w wieku 84 lat.

Szczególnym momentem było ostatnie spotkanie z wiernymi, do którego doszło 30 marca. Jan Paweł II pokazał się wówczas w oknie Pałacu Apostolskiego, jednak nie był w stanie wypowiedzieć żadnego słowa. Po raz ostatni pobłogosławił wiernych.

Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu. W specjalnym telegramie z 31 marca 2005 na uroczystość Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach r., napisał m.in. “Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości”. Telegram został odczytany w sanktuarium nazajutrz po śmierci papieża, w niedzielę 3 kwietnia.

Jan Paweł II, dzień przed śmiercią, pożegnał się ze swoim najbliższym otoczenie pisząc, z pomocą arcybiskupa Dziwisza, na niewielkiej karteczce: “Jestem radosny, wy także bądźcie. Módlmy się razem z radością. Wszystko powierzam Pannie Maryi”.

“Szukałem was, a teraz wy przyszliście do mnie i za to wam dziękuję” – wyszeptał na łożu śmierci Jan Paweł II, gdy dowiedział się, że na Plac św. Piotra przybyły rzesze młodych ludzi by modlić się w jego intencji.

Zgodnie z tradycją towarzysząca pochówkom papieży, do trumny z ciałem Jana Pawła II włożono – zapieczętowany w specjalnej metalowej tubie – napisany po łacinie jego krótki życiorys. Początek tego dokumentu, zwanego “rogito”, brzmi: „W świetle Chrystusa zmartwychwstałego, 2 kwietnia roku Pańskiego 2005, o godzinie 21:37 wieczorem, gdy sobota dobiegała kresu i weszliśmy już w Dzień Pański w Oktawie Wielkanocy i Niedzielę Bożego Miłosierdzia, umiłowany Pasterz Kościoła Jan Paweł II przeszedł z tego świata do Ojca. Jego odejściu towarzyszył modlitwą cały Kościół, zwłaszcza młodzież”.

Pontyfikat 264. następcy św. Piotra trwał 26 lat 5 miesięcy i 16 dni i był trzecim co do długości w historii papiestwa – po św. Piotrze i Piusie IX. W audiencjach generalnych u Jana Pawła II uczestniczyło w sumie około 18 milionów osób.

Pogrzeb Jana Pawła II odbył się 8 kwietnia. Na Placu Świętego Piotra zgromadziło się ok. 300 tys. wiernych, a do Rzymu przybyło ich nawet 5 milionów. Pośród tłumu przebijały się flagi z napisem „Santo subito”, co znaczyło „święty natychmiast”. Ceremonia pogrzebowa została zapamiętana nie tylko ze względu na ilość wiernych oraz delegacje z całego świata. Wielu osobom w pamięć zapadła również scena zamykającej się księgi, która leżała na trumnie z ciałem Jana Pawła II. Przez całą ceremonię wiatr przewracał jej kolejne kartki, a wraz z końcem mszy, zamknęła się również księga. Dla wielu osób był to przejaw działania Ducha Świętego.

Trumnę z ciałem Jana Pawła II złożono w krypcie Bazyliki Świętego Piotra. Po beatyfikacji w 2011 roku grobowiec przeniesiono do Kaplicy Świętego Sebastiana Bazyliki Świętego Piotra.

Jan Paweł II został świętym 27 kwietnia 2014 roku. Informację o tym, że Jan Paweł II dołączy do grona świętych we wrześniu 2013 roku przekazał papież Franciszek.